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目的 比较两种磁珠法核酸提取试剂在病原靶向二代测序（ptNGS）检测肺泡灌洗液（BF）和外周血（PB）样本的实验参数及检测结果差异，选择较优的核酸提取试剂并评估其在ptNGS检测中的适用性，为不同样本类型选择适用的核酸提取试剂提供参考。方法 选择两种代表性磁珠法核酸提取试剂盒KitA和KitB，对已知培养或实时荧光定量PCR（qPCR）结果的12例BF和8例PB样本分别取相同体积进行ptNGS检测，流程主要包括核酸提取、文库构建、上机测序和结果分析。采用Wilcoxon配对秩检验系统比较KitA与KitB在样本（BF和PB）检测过程中的实验参数（包括核酸提取总质量、吸光度（A）260/280、文库浓度、样本测序数据质量指标Q30等）和病原检出拷贝数，以明确更适用于BF与PB样本ptNGS检测的磁珠法提取试剂。通过ptNGS检测的准确度、精密度、检出限和常规抗干扰能力进一步评估提取试剂盒的适用性。结果 KitA在BF的核酸提取总量显著高于KitB（(W=－66、P=0.001），而在PB的核酸提取总量与KitB差异无统计学意义（W=19、P=0.063）。KitB在BF和PB样本核酸的吸光度A260/280显著优于KitA（BF：W=54、P=0.014，PB：W=21、P=0.031）。KitA与KitB提取核酸构建的文库浓度和片段大小差异均无统计学意义；KitA与KitB测序数据在Q30、引物二聚体百分比和Real align百分比等差异均无统计学意义（P均＞
0.05）。KitA与KitB病原体检出数量和种类一致；KitA提取的BF检出病原体拷贝数显著高于KitB（W=－301、P ＜ 0.001），但两者在PB中病原拷贝数差异无统计学意义（W=－3、P=0.844）。进一步选择更适用的核酸提取试剂盒KitA评估其在ptNGS检测BF和PB中的适用性，使用KitA进行ptNGS检测的阳性符合率为97.14%，漏检率为2.86%，总体符合率为95%；批内精密度和批间精密度均＜ 10%；细菌和真菌检出限均为100拷贝/ml，病毒检出限均为1 000拷贝/ml；样本中的非靶标核酸（包括人源核酸）对ptNGS定性结果无干扰。结论 KitA提取方式在BF的ptNGS检测中整体优于KitB，KitA和KitB在PB的ptNGS检测中整体实验参数如核酸提取总质量、文库浓度和测序数据质量指标Q30等基本一致，KitA在ptNGS检测中准确度、精密度、检出限和常规抗干扰能力的性能评估中均满足临床检测需求。
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